Während des Krieges gegen die Klingons, von 2241 bis 2245 gehört Sonya Alexander zu den erfahrensten Captains der Sternenflotte. In dieser Zeit führt sie das Kommando über die USS AJAX / NCC-1529, ein Raumschiff der HERMES-KLASSE.
Unter Admiral Samuel Travis kämpft sie an der Seite von Kelvar Garth. Sowohl während der Operation-Pegasus, bei der Schlacht von Cygnus III, als auch bei der
Schlacht von Axanar, auf Seiten der Föderation.
Sie ist es, die durch eine geschickte Finte, bei Cygnus III, Captain Garth, der zu diesem Zeitpunkt das Kommando über den brandneuen Kreuzer USS ARES / NCC-1650 inne hat, den ersten erfolgreichen Frontalangriff auf einen klingonischen Kreuzer der D6-KLASSE ermöglicht.
Bei den Klingons haben ihr ihre militärischen Erfolge Beinamen wie: "Königin der Föderation", "Schlampe der Föderation" und "Hure der Föderation" eingebracht.